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Em 1854, o então presidente da Província de Sergipe, Inácio Joaquim Barbosa, encaminhou ao Ministro da Marinha a planta e o orçamento para a construção de um farol na barra do rio Sergipe (na época conhecido como rio Cotinguiba ou Aracaju).

No dia 12/10/1861 foi inaugurado um farol tendo como base uma estrutura de madeira pintada na cor preta, destruída num incêndio, em 1884. No mesmo ano foi providenciada uma torre provisória e, em 1886, teve início a construção de uma torre metálica, oriunda da França, de 33,5 m de altura.

O antigo farol de Aracaju, também conhecido como Farol do Cotinguiba, foi inaugurado em 07/09/1888 e desativado em 16/07/1991, quando o novo farol da Coroa do Meio entrou em atividade

Em 2007 foram iniciadas as obras de restauração do farol e revitalização da área em seu entorno, o Farol foi restaurado a partir de uma parceria entre a Prefeitura Municipal de Aracaju e o Governo do Estado de Sergipe.

Localizado na Praça Tenente Domingues Fontes (uma homenagem ao primeiro faroleiro de Aracaju.)  foi reinaugurado em 2009 como novo cartão postal da cidade.